●綜合研究所

　東京神學大學設置亞洲傳道研究所和日本傳道研究所構成的綜合研究所, 作為神學和傳道研究的據點, 每年三月發行『傳道與神學』(大學期刊) 反映本校之研究成果。

●亞洲傳道研究所

　為了在亞洲傳道的課題, 在本研究所的研討會中, 與鄰近各國的教牧人員和留學生一起持續努力, 確立在亞洲中傳道的觀點見解。 透過前往韓國､ 台灣､ 菲律賓和中國的教會研修旅行, 學生可親身學習到各國教會的經驗。

●日本傳道研究所

　日本傳道研究所是為了日本福音宣教的特別使命而誕生的, 本校教授前往各地聽取當地教會牧師的傳道經驗與意見, 企圖在教學上加入這些傳道經驗與意見, 並且本研究所為推廣傳道研究為目標, 協助志願牧師們和本校每年共同舉辦日本傳道協議會。