●神學部神學系（神學部神學科）

〈特色〉
在本校在學四年可取得神學學士學位, 須按規定修完學科基礎科目､ 神學基礎科目､ 外語科目､ 保健體育科目及專門教育科目, 畢業條件為需修滿140個學分, 專門教育科目是由聖經神學､ 系統神學(組織神學)､ 歷史神學與實踐神學等構成, 不但有系統的學習神學的長遠歷史和傳統, 還學習成為教牧人員所需必修知識。 本校還針對已從短期大學､ 大學及專門學校畢業的學生, 或是已取得一定學分的學生, 設有編入學(插大轉學)制度, 具體事項請向教務課入試部洽詢。
〈取得資格〉
本校大學部設有教職課程, 修完可取得中學1種及高中1種教師資格(宗教), 希望取得教師資格的學生, 入學後須辦理一定手續和登記課程, 須修完其他相關課程並參與教育實習和護理實習等。

●神學研究所（大學院神學研究科）

〈特色〉
東京神學大學設有神學研究所神學研究科博士前期課程, 在神學部修完神學科目並取得神學學士學位的學生, 通過內部入學面試可以進入博士前期課程, 在其他大學取得神學學士學位的學生, 也可通過研究所入學考試進入博士前期課程, 博士前期課程分為主修聖經神學和主修系統神學(組織神學), 學生須修足自己所選擇的主修科目各種課程, 並要完成主修的碩士論文, 利用在神學系所學習到的知識, 養成有組織有體系的神學思考的同時, 並學習教牧人員在職務上所必要的實質知識。
〈取得資格〉
中學教師專修資格 (宗教)
高中教師專修資格 (宗教)

●校園生活

目前在本校大學部及研究所裡約有150名的學生, 雖是屬於非常小規模的大學, 但是在綠意盎然的三鷹市大沢校園裡進行著各式各樣的校園生活, 如每天在校園禮拜堂所進行的禮拜, 在授課或實習中認真的討論與質問, 學生與教員之間近距離的溝通, 在校園學生宿舍裡的社交生活, 並在東亞裡可號稱第一的神學圖書館學習研究, 及大學生與研究生一起進行的團體活動, 如開學與畢業時的愛餐會､ 聖誕節的禮拜與祝会､ 暑期傳道歡送祈禱會與運動會等等多樣的活動, 這些活動一一提供給學生豐富多樣的校園生活。