●传统

　东京神学大学前身为1873年（明治6年）由宣教士S・R布朗创立的布朗私塾。至今一直致力于为教会培养教牧人员而提供高等神学教育。
东京神学大学分为学部（本科）和大学院博士课程（硕士、博士），是日本唯一的神学专业单科大学。
　1941年（昭和16年），福音主义（新教）各教会合并后创立了日本基督教团，在设立大会上表明了有必要建立培养牧师的机构，并为此表決要采取必要措施。
　1943年（昭和18年），设立了教团管轄的日本东部神学校、日本西部神学校、日本女子神学校。这些学校都继承了以前的许多神学校的传统和遺産。
1944年（昭和19年）由学校规则的改订，合并了日本西部神学校，改称日本基督教神学专门学校，日本女子神学校改称日本基督教女子神学校。
　之后，1949年（昭和24年）随着教育制度的改革，按照新的学校教育法改組为东京神学大学，本科4年、硕士2年的神学专科教育。1955年（昭和30年），経批准新开设博士课程，成为本科4年、博士科5年的大学直達今天。
　本校原则上学生均可读完硕士课程。

●其他特色

　保持最高神学研究水平，立志服務教会建設和宣教研究。
　创建大学当初，从东京都千代田区迁入到三鹰市牟礼。1966年（昭和41年），在三鹰市大泽（大沢）筹建了現今新的校区。新校区临着隣接国际基督教大学、路德学院大学、日本路德神学校、并与3所大学建有深厚的友好关系。在与海内外神学校的亲密交流中，本校致力于培养拥有开阔的国际视野、明确的理解福音、传福音的热情、在神学上有明确见解的教牧人员，以便成担未来。
　本校还有来自亚洲的留学生，设有亚洲传道课程和实施亚洲研修旅行。 本校希望用全力来保持神学的学问，尽力实施站在传福音最前线时真正能发挥力量的教育，在各教会的支持下前进。

●新的时代

　进入新时代送走在第一线参与教牧工作的前辈，并继承和发展受高度评价的神学财产。本校不仅接收日本基督教团的学生，也接收其他教派的学生以及来自亚洲等国家留学生。